El Herbario de la Universidad Autónoma de Querétaro "Jerzy Rzedowski" (QMEX) se aloja en la Facultad de Ciencias Naturales en el Campus Juriquilla. El herbario posee una colección importante de plantas de la región y sus alrededores, como los estados de Guanajuato, Hidalgo, San Luis Potosí y Estado de México. Sin embargo varios proyectos botánicos desarrollados por los investigadores han creado colecciones importantes de otros estados del país.

Colecciones importantes: Solanáceas; Poaceae; Musgos; Certificación de Cactáceas Mexicanas Amenazadas; Plantas acuáticas y semiacuáticas; Flora de la Sierra de San Carlos, Tamaulipas; Flora y Vegetación Nativa del Municipio de Querétaro y Zona Conurbada; Agaváceas, Nolinánceas y otras Asparagales mexicanas.